Fakultní nemocnice Plzeň zajišťuje pro oblast Plzeňského kraje nemocným základní, specializovanou i takzvaně vysoce specializovanou medicínskou péči ve všech oblastech, s výjimkou popáleninové medicíny, transplantací kostní dřeně u dětí, nejsložitějších transplantací orgánů a operací srdce u dětí.